Les Églises mennonites ont également mis en place des associations dédiées à des missions particulières. Ainsi, par exemple, le journal « Christ-Seul », mensuel des Églises Évangéliques Mennonites de France, est édité par l’association Éditions Mennonites, le travail missionnaire est assuré par l’association Mission Mennonite, ou encore l’Association française d'histoire anabaptiste mennonite qui gère la partie historique…
Au milieu du XXe siècle, les mennonites de France, aidés de leurs homologues américains et canadiens, ont créé plusieurs établissements à caractère médico-social, comme l’AEDE. Leur évolution a entraîné une professionnalisation de plus en plus importante de ces œuvres.
Aujourd’hui, la plupart des Églises sont adossées à une association culturelle qui offre à leurs membres un cadre d’engagement social tel que l’accueil de réfugiés, l’aide au devoir, un café associatif, des événements culturels…
Les Églises mennonites sont en lien avec des partenaires extérieurs, par exemple la Conférence Mennonite Mondiale (appartenance mennonite) ou Church & Peace (réflexion sur la paix et la non-violence).